IMF, Kremlin’e terörist bombalı saldırı düzenlemekle suçlanınca Başkan, Hayalet Protokolü’nü devreye sokar. Ethan Hunt ve teşkilâtı IMF arasındaki bağ kopar. Herhangi bir desteği kalmayan Hunt, teşkilâtının adını temize çıkarmak için bir yol bulmak zorundadır. Hunt’ın bu göreve, eski IMF arkadaşlarından oluşan bir takımla atılmaya mecbur olması işleri daha da karmaşık bir hâle sokar.